Po wieczornej Eucharystii w naszej bazylice miało miejsce uroczyste, uświęcone tradycją nabożeństwo Transitus, obchodzone przez wszystkich franciszkanów na świecie tylko raz w roku. Jest ono upamiętnieniem przejścia do życia wiecznego założyciela naszego zakonu, św. Franciszka z Asyżu. Celebracji przewodniczył gwardian wspólnoty krakowskiego klasztoru, o. Piotr Cuber.
Jeden z braci, Tomasz z Celano, niedługo po śmierci Biedaczyny tak opisuje ten moment:
«Gdy Franciszek przeczuł porę śmierci, wówczas wezwawszy do siebie dwóch braci swych i synów szczególnie umiłowanych, polecił im wyśpiewywać głośno chwałę Pańską w rozradowaniu ducha, z powodu bliskiej śmierci, a raczej bliskiego w niej żywota. Sam zaś, jak tylko mógł, zaintonował psalm Dawidowy: „Na głos wołam do Pana, głośno Pana błagam”.
Przykazał następnie przynieść księgę Ewangelii i poprosił, by przeczytano mu z Ewangelii według świętego Jana rozdział rozpoczynający się tymi słowy: „Na sześć dni przed Paschą Jezus widząc, że nadeszła Jego godzina przejścia z tego świata do Ojca…” Rozkazał następnie nakryć się całunem i posypać popiołem ten, który niebawem miał się obrócić w popiół i pył ziemski. A gdy zeszło się wielu braci, których był Ojcem i Wodzem, i trwało w pełnym czci pobliżu, wyczekując błogosławionego zgonu i dopełnienia szczęsnego, wtedy wyzwoliła się owa dusza prześwięta z ciała i pogrążyła się w jasności niezmierzonej, ciało zaś zasnęło w Panu.»
